Командующий ВМСУ, контр-адмирал Сергей Гайдук, задержанный в марте 2014 года сотрудниками ФСБ России в здании штаба военно-морских сил Украины в Крыму, передал российским спецслужбам дела всех офицеров флота.
Кроме того, проверка выявила факт растраты 1,5 миллионов, выделенных на модернизацию камбуза флагмана украинского флота - фрегата «Гетман Сагайдачный». Закупленное для этих целей холодильное оборудование так и не было установлено, из-за непригодности к эксплуатации на боевых кораблях.
В августе 2015 года прокуратура Украины заявила, что обладает списком из восьми тысяч военнослужащих, которые перешли на сторону России. Среди них есть и те, кто находится на территории Крыма. Главный военный прокурор Украины отметил, что все они будут привлечены к ответственности.